空军航空兵13师的前身为1950年4月在四川新津机场组建的西南军区司令部航空处空运队。该空运队所属的飞机有华北军区航空处空运队抽调的2架C-46、1架C-47以及西南军区接收的原国民党空军的4架C-46和随后从北京空运队调来的3架C-46。（C-47型机1架因不适于高原高空飞行后调回归建），首任队长谢派芬系起义的国民空军军官学校上尉飞行教官。空运队当时主要担负支援陆军第18军进藏的空运空投任务。
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