基质蛋白在病毒学中是一种连接病毒封套与病毒核心的结构蛋白。常见的有流感的M1蛋白。它对宿主细胞壁的糖蛋白有亲和力，而另一面对于各种的核糖核酸都有亲和力，导致它能够在细胞壁下形成一层病毒的核蛋白结构。这个结构有助于病毒成熟时能够封装核糖核酸并萌芽新的病毒。当病毒进入一个细胞，病毒的基质蛋白负责驱赶其他基因物质。
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