通常经过酶切的DNA分子要进行凝胶电泳，将杂带和要的条带区分看，并把要的那部分回收，充分除盐，以进行后续的DNA连接等操作。 经过PCR扩建的基因片段也是要进行凝胶电泳并回收的。因为PCR的产物除了要的基因片段之外，还有模板、primer、错配片段等不需要的基因片段，进行凝胶电泳可以将它们进行初步分离，之后回收的PCR产物才能进行后续的分子实验。
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