在环境生态学中，微生境是一种对特殊微小生物的特殊生态环境。例如寸草不生的荒漠中的一块绿地，荒漠是大的生物群系，绿地就是包含于大的生态环境中特殊，适合某种生物生长的微生境。概括来说，微生境是指与微生物大小、运动能力和寿命相对应的空间和时间尺度上的生境。生物的生活受其周围各种环境要素的很大影响。具有相同分布区的同一种植物，由于微生境不同，在形态上产生的变异，且变异比较稳定，分布范围较亚种小。
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