五桠果目只有1科10属约300种。 1981年的克朗奎斯特分类法将其列在五桠果亚纲中，包括2科─五桠果科和芍药科，1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法不承认这个目，将芍药科列在虎耳草目之下，将五桠果科直接列在核心真双子叶植物分支之下，不属于任何一目，2003年经过修订的APG II 分类法维持原分类，但2007年2月21日新修订的结果是恢复五桠果目，只包括五桠果科一个科。
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