核苷酸碱基对包括A、G、T、C、U。严格地说，碱基对是一对相互匹配的碱基（即A：T， G：C，A：U相互作用）被氢键连接起来。然而，它常被用来衡量DNA和RNA的长度（尽管RNA是单链）。 它还与核苷酸互换使用，尽管后者是由一个五碳 糖、磷酸和一个碱基组成。
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