湖水中物质由于物理、化学和生物作用，在湖内下沉和堆积。比如：入湖水流挟带的泥沙，由于流速减小而下沉；粗粒泥沙常沉积在河流入湖处，越向湖心，沉积的颗粒越细；矿物质溶解，主要由于蒸发、冷却和化学作用，引起沉淀；湖岸在风浪和湖流作用下崩坍，崩坍的物质沉积在湖岸坡脚；湖中水生生物死亡后沉积在湖内。由于湖水的流动性不强，加之地形相对封闭，所以，湖泊的沉积作用表现得最为明显。湖泊的沉积物中有来自于河流的固体碎屑和可溶性矿物质，也有湖中或湖边生物死亡后形成的有机物质。随着沉积物的不断沉积，湖床不断变浅，最终淤积消失成为沼泽等湿地。