β-琼脂糖酶切割琼脂糖亚单位或未置换的新琼脂乙糖（3,6-酐-α-L-吡喃型半乳糖基-1-3-D-半乳糖）生成新琼脂-寡糖（1）。β-琼脂糖酶 I 消化琼脂糖，形成不能再成胶的碳水化合物分子，同时释放所俘获的 DNA。通常残留的碳水化合物分子或 β-琼脂糖酶 I 不会影响随后的限制性内切酶消化、连接反应及转化反应等 DNA 操作。
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