靖西海菜花为沉水草本植物。根茎短，长约2厘米，径约5毫米。果实三棱形，具疣点，长于佛焰苞。种子多数，长椭圆形，有极稀疏的毛。花期6-10月。2n=22。本变种与原变种海菜花O. acuminate (Gagnep.) Dandy var. accuminata相似，主要区别在于其雄佛焰苞内雄花数特多，高达140-190朵；雄花中的退化雄蕊先端2裂；退化雌蕊具6槽；雌佛焰苞内含雌花8-9朵。
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