黑龙江茴鱼，体长而侧扁，尾柄发达。吻钝且短。口端位，上下颌等长。口裂倾斜。上颌游离，末端可达到眼正中的垂直线下方。上下颌各有一列细齿，舌上无齿。眼大。鳞细小，侧线鳞80-98，侧线平直。背鳍长且高大，背缘圆凸，呈旗状；脂鳍小，位于臀鳍起点之后上方；雌体的背鳍、臀鳍较雄体为大。背部和体侧紫灰色，体侧散生有许多黑褐色小斑点；生殖时色彩明显，成鱼体侧有许多大的红色斑点，各鳍赤紫色。背鳍上有2条由赤褐色斑点形成的纹带，幼鱼体侧除斑点外，还有数条暗色横斑，随着生长而消失。腹部色淡，整个体色较鲜艳。
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