根据中共福建省委办公厅、福建省人民政府办公厅《关于印发<南平市人民政府机构改革方案>的通知》（闽委办〔2010〕92号）和中共南平市委、南平市人民政府《关于南平市人民政府机构改革的意见》（南委〔2010〕70号），设立南平市卫生局，为市人民政府工作部门，正处级。
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