百子莲科只有一属——百子莲属（Agapanthus L'Hér.）约十几种，原生于南非，作为观赏花卉被各地引种，都叫做百子莲，多年生草本。此属植物在克朗奎斯特分类法中被分入百合科，有的分类法将其分入石蒜科在1998年根据基因亲缘关系分类的APG分类法将其单独类为一个科，属于天门冬目，2003年经过修订的APG II分类法认为百子莲科可以选择和葱科及石蒜科合并。
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