柑橘芽瘿蚊每年发生3～4代，世代重叠。以蛹在橘园土壤浅表层中越夏越冬。在广州，于1月上旬开始羽化出土，产卵于不张开的嫩芽上。初孵幼虫钻入嫩芽为害，被害芽呈虫瘿状，小叶片卷曲，或幼芽缩成小瘿瘤，或小叶柄膨大呈瘤状，且被害部位色较淡。4月以前，从发现被害后约10天，橘芽即干枯，后脱落。在干枯前，幼虫弹跳入土化蛹。4月至5月初，由于温度增高，被害芽多发霉腐烂。
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