南京市气象局1993年成立，成立后与省气象台合署办公。2006年5月与省气象台分离， 12月16日，独立建制后的市气象局正式揭牌。市局内设办公室（法规处）、业务科技处、人事教育处、计划财务处4个职能处室，下设5个直属事业单位，管辖江宁、六合、浦口三区和高淳、溧水二县气象局。
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