苯酰甲硝胶囊对以下专性厌氧菌有抗菌作用。革兰氏阴性厌氧杆菌：类杆菌属的脆弱类杆菌、普通类杆菌、吉氏类杆菌、卵圆类杆菌、多形类杆菌等和梭状杆菌属。革兰氏阳性厌氧杆菌：真杆菌属、梭状芽胞杆菌属。革兰氏阳性厌氧球菌：消化球菌属和消化链球菌属。本品对原虫，如阴道毛滴虫具有很强的活力；对阿米巴和兰伯氏第虫均有活力。药物作用模式为切断DNA链和抑制DNA合成，从而干扰和中断厌氧微生物生长和繁殖。
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