柑桔黑腐病病原为真菌，称为柑桔链格孢(Alternaria citri Ellis et. Pierce)，属半知菌亚门。病部长出的墨绿色绒毛状霉层是病菌的分生孢子梗及分生孢子。分生孢子长椭圆形或倒棍棒形，暗橄榄绿色。
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