紫金牛科是合瓣花类中比较接近离瓣花类的类群。1981年的克朗奎斯特分类法将其列入报春花目，1998年根据基因亲缘关系分类的APG分类法将其合并到杜鹃花目。2016年的最新的APG IV系统将紫金牛科全部划入报春花科，成为报春花科的两个亚科：紫金牛亚科、杜茎山亚科。其中紫金牛亚科新划进了原本的报春花科的假婆婆纳族、珍珠菜族、仙客来族等。蜡烛果亚科被划进紫金牛亚科的紫金牛族。
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